А на Кипре, видимо, надо будет тоже платить от всей суммы доходов, тк для ИП не применяются правила об избежании двойного налогообложения с Кипром. Но это конечно надо у кого то из местных уточнять.

Разницу в налогах придется доплатить Кипру. Т.е. все что было заплачено в России зачтется, но на Кипре скорее всего будет больше налог и вот разницу придется доплатить