Доброго дня, подскажите пожалуйста: с русским паспортом и германским Resident permit (Niederlassungserlaubnis) прямым рейсом из Германии в ларнаку нужно делать Кипрскую визу или нет? (скорее всего нет, но беспокоит)

нет, не нужно. Для въезда на Кипр можно использовать редизенс пермит выданный в любой другой стране ЕС