Реально им объяснить? Поймут и внесут по просьбе?

Там тоже люди с той стороны стекла.

Конечно. Сразу скажите

Вполне. Иначе вы не сможете въехать после Афин. Шенген будет последний день, теоретически да, но могут быть вопросы еще на посадке в Афинах. А на кипрской будет стоять использование, тоже больше вопрос внимательности на стойке регистрации. Паспортному контролю как раз можно любой вариант объяснить, они у нас вполне адекватные)