Кто знает, если шенгенская виза не мульти, а на 2 entry, въезд на кипр счетчик въездов увеличит? По логике нет, по идее должен только въезд в шенгенскую зону считаться, но не знаю как на деле

Не увеличит. В базе Шенгена никак не отразится